L’Assistante Générale intríguante est devenue Supérieure Générale après le départ de la Fondatrice. Elle s’emploie à faire disparaître ce qu’elle peut du passé : changement de nom de la Congrégation, de spiritualité, de manière de vivre.
Elle déstabilise un certain nombre de religieuses qui partent; d’autres sont renvoyées ou sans cesse changées de maisons et d’emplois.
Le noviciat, tous les six mois, lui aussi est transféré d’une maison à une autre… ce qui attira le regard du Cardinal Richard sur la Congrégation.
Depuis 1879, Mère M.Elisabeth de Luppé est Assistante Générale.
En ces temps très perturbés, des œuvres apostoliques se forment et se développent de manière incohérente. Toutefois une œuvre va naître qui connaîtra un essor durable. Dès 1875, les religieuses remarquent que parmi les jeunes filles des foyers, certaines sont atteintes de tuberculose… Dès lors une caisse de Secours Mutuel se met en place, puis une ébauche de sanatorium est organisée à Livry en 1877; les locaux deviennent rapidement trop petits.
Le 19 mars 1881, le sanatorium de Villepinte ouvre ses portes : c’est le premier établissement de ce qui deviendra l’Association « Vivre et devenir Villepinte – Saint Michel »en 2018 et qui prendra une part très active dans la lutte contre la tuberculose.
Le 13 février 1890, Mère M Elisabeth reçoit de Rome la lettre de démission de la Supérieure Générale et l’annonce qu’elle quitte la Congrégation. Elle vivra seule avec sa femme de chambre, à Paris, et sera inhumée le 17 août 1921 dans le caveau qu’elle avait au cimetière de Villepinte pour ses parents.